なぜ排泄物は汚いと言われるのか？

それはたぶん、菌や虫が繁殖したりする土壌になるからじゃないかと思います。そこは生ゴミとも共通してそう。

なんで菌や虫が繁殖するのかというと、栄養が残っているから。

ということは、食べたものの栄養を完全に吸収しつくすことができたら、出すものを汚くなくすることができそうな気がします。

またまたヒトバージョン2のアイデア。
これで奴隷船でもいくぶんか快適に過ごせそうです。